Các sinh vật yếm khí bắt buộc có thể sử dụng men hoặc hô hấp yếm khí. Các sinh vật yếm khí không bắt buộc không sử dụng men. Các sinh vật yếm khí tuỳ ý hô hấp hiếu khí, khi không có oxy thì sử dụng men hoặc hô hấp yếm khí.

Trong chuyển hóa dùng men có rất nhiều phản ứng men yếm khí. Sinh vật yếm khí dùng men thì chủ yếu sử dụng lên men đường thành acid lactic:

Năng lượng giải phóng trong phản ứng này là khoảng 150 kJ mỗi mol, được bảo tồn trong việc tái tạo hai ATP từ ADP mỗi glucose. Đây chỉ là 5% năng lượng trên một phân tử đường có phản ứng hiếu khí điển hình tạo ra.

Thực vật và nấm (ví dụ, các nấm men) nói chung sử dụng lên men rượu (ethanol) khi oxy trở nên hạn chế:

Năng lượng giải phóng là khoảng 180 kJ mỗi mol, được bảo tồn trong việc tái tạo hai ATP từ ADP mỗi glucose.

Vi khuẩn yếm khí và vi khuẩn cổ sử dụng những phương cách này, và nhiều cách dùng men khác, ví dụ, quá trình lên men axit propionic, quá trình lên men axit butyric, lên men dung môi, lên men axit hỗn hợp, lên men butanediol, lên men Stickland, acetogenesis, hoặc khí methan.